המקור לזה הוא כנראה מדברי הזוהר הקד' (פ' תולדות קטז ע"ב). וכן משמע במדרש (דברים, פרשה ב אות יז) וז"ל, יש תפילה שנענית לארבעים יום, ממי אתה למד, ממשה, דכתיב "ואתנפל לפני ה' ארבעים יום" (ויש לדחות שהכוונה שיש תפילה שנענית לארבעים יום ולא מיד ולא שתפילה ארבעים יום מועילה יותר). וכן מצינו בספר חסידים (סי' קעו) וז"ל, מעשה באחד ששאל, מי שיצרו מתגבר עליו וירא פן יחטא וכו', אבל צריך כפרה, ישב בקרח בימי החורף או יתענה ארבעים יום בימי החמה, ע"כ. וכן מצינו בגמ' (ברכות לד.) מעשה באחד שהיה מאריך בתפילתו, ואמר ר' אלעזר לתלמידיו, כלום מאריך יותר ממשה רבינו, דכתיב ביה "את ארבעים יום ואת ארבעים הלילה אשר התפללתי", ע"כ. וראה רמב"ן (שם). הרי לנו מקור נוסף לארבעים יום. וע"ע בספר חסידים (סי' שפד) שכתב, אחד היה מתענה תעניות שיתן לו הקדוש ברוך הוא אשה טובה להזמין לבנו, וכשגדל הבן והיה לו בנים, מתה אשת האב, אמר הבן, לא אהיה כפוי טובה נגד אבי, והתענה הבן ארבעים תעניות שיזמין הקדוש ברוך הוא אשה טובה לאביו, ע"כ. וראה בשו"ת תשובות והנהגות (ח"ד סי' סא) שכתב, ובעיקר הסגולה לילך ארבעים יום לכותל מדי יום ביומו ולא יחסר, עם בקשה אחת לבד, נראה שבירושלים הסגולה היא להתפלל בכותל המערבי, אכן מועיל גם בכל ערי ישראל ובחו"ל, אם הולך במיוחד לבית המדרש או היא, יום ביומו לצורך בקשתו דווקא, ואומר, הנני בא ארבעים יום לבית המדרש במיוחד להתפלל עבור ענין פלוני, ומקדים כל פעם לתת י"ח פרוטות לצדקה לעמלי תורה, יצליח, ע"ש. (ועי' שם בתשובות והנהגות שכתב שמוצאי שבת חשיב כשבת לענין זה דארבעים יום) וה' לא ימנע טוב להולכים בתמים.
