בא"ר (סי' רכד ס"ז) הביא שכתב בדרשות מהר"ש (סי' תצ) כשהיה מהלך על קבר היה אומר 'יהי רצון שתהא מנוחתו של פלוני הקבור שם בכבוד וזכותו יעמוד לי'. עוד כתב (שם) מה שתולשין עשב מקבר או נוטלין צרור ומשימין על המצבה, אינו אלא משום כבוד המת להראותו שהיה על קברו, ע"ש (והביאו גם הגאון בעל תוס' יו"ט בספרו מלבושי יו"ט, סוס"י רכד) ובספר יוסף אומץ יוזפא (עמ' רעג, והו"ד בחזו"ע אבלות ח"א עמ' תנח בהע') כתב ששמע מדקדקים שנוהגים להניח אבן על מצבה כדי שלא תהיה קריאת הכתב שעליה קשה לתלמוד [ע"פ הגמ' מסכת הוריות (יג:) שקריאת כתב שעל גבי הקבר קשה ללימוד. והוסיף שם ביוסף אומץ דאפשר לסמוך על כך כשהכתב שקוע ולא בולט (ועי' מש"כ שם מרן זצוק"ל ע"ד היצחק ירנן ברדא ח"ג חיו"ד סי' ב). וע"ע בשו"ת רבבות אפרים (ח"ח סי' נא)]. ובירושלמי (מסכת כלאים פ"ט סוף ה"ג) איתא, רבי בר קיריא ורבי לעזר הוון מטיילין באיסטרין, ראו ארונות שהיו באין מחוצה לארץ לארץ. אמר רבי בר קיריא לרבי לעזר, מה הועילו אלו, אני קורא עליהם (ירמיה ב, ז) "ונחלתי שמתם לתועבה בחייכם ותבואו ותטמאו את ארצי במיתתכם". אמר ליה, כיון שהן מגיעין לארץ ישראל הן נוטלין גוש עפר ומניחין על ארונן דכתיב (דברים לב, מג) "וכיפר אדמתו עמו", ע"ש. ועי' בשערי זוהר (קסא ע"א, להרב ראובן מרגליות) שהביא ראיה לכאורה למנהג ממדרש תנאים, שם איתא, אחד מתלמידי רבי שמעון בר יוחאי שכח את תלמודו. הלך ובכה בבית העלמין, וכאשר הרבה לבכות התגלה לו בחלום ואמר לו 'כאשר תשליך עלי שלושה 'קלי', אבוא אליך' (הביטוי 'קלי' מתפרש הן במשמעות של רגבים או אבנים, והן במשמעות של קוֹלות). הלך אותו תלמיד אצל פותר חלומות וסיפר לו את המעשה (כדי שיפענח עבורו את פשר החלום). אמר לו, חזור בקול על לימודך שלוש פעמים, והוא ישתמר בזיכרונך. עשה כך התלמיד, ואכן כך היה שב לזכור את תלמודו, ע"ש. ובספר נוהג בחכמה (עמ' קפ אות לא) כתב שהעם רגילים להסביר הטעם כי כשבאה הנשמה לקבר, היא יודעת מי הניח אבן על קברה ומה בקשתו. כשעולה למרום היא מבקשת עליו רחמים, ע"ש. ויש שכתבו שפעם לא היו מכסים את הקבר באבן גדולה כמו היום אלא מסמנים את הקבר בגל של אבנים ולכן כל מי שהיה בא לקבר, היה מוסיף אבן כדי לשמור על הגל הזה. וראיתי בספר שפתי צדיקים (עמ' 22) שהביא בשם הגה"צ סלמן מוצפי זצוק"ל דנוהגים להניח אבן על המצבה וכשמסיימים התפילה נוהגים לסלקה. ויש להקפיד בכך ע"פ הסוד מפני שהאבן היא הזמנה לניצוץ הנשמה וכמו כסא שתשב עליה, ועם סילוק האבן, הנשמה חוזרת למעלה ולא ראוי ללכת כשניצוץ הנשמה עדיין שם, וכן לא ראוי שתשאר האבן כמו כסא ריק אחרי הסתלקות הניצוץ, ויש שנהגו להשאירה שם והם בעיקר מבני קהילות אשכנז, ע"ש. והן אמת שבחזו"ע (שם) לא כתב דצריך לסלקה. וכן ראיתי בעיני למרן מאור ישראל רבינו עובדיה יוסף זצוק"ל שהיה על קברו של הגר"ש משאש זצוק"ל (באחד ממסע לויה שנכח שם) והניח אבן על מצבתו ולא הורידה.